圖譜自動分割

在生命科學影像分析領域,精確與效率至關重要。Reactiv’IPCERMEP 攜手合作,基於強大的 IPSDK Explorer 平台,開發了一款專為放射自顯影 (Autoradiography) 需求量身打造的處理軟體。這款工具不僅能滿足複雜的分析需求,更能將切片與現有的圖譜 (Atlas) 進行精準匹配。

Reactiv'IP 放射自顯影切片序列定義介面
圖一:定義切片序列並配對相應部分(Total 與 Specific fixation)

主要功能流程

  • 1
    切片序列定義 (Slice Series Definition):
    軟體首先定義一系列切片,並將對應的切片部分(如總結合與特異性結合)進行配對。
  • 2
    感興趣區域選擇 (ROI Selection):
    針對每個序列進行精確的 ROI 圈選。
  • 3
    自動輪廓偵測與修正 (Contour Determination):
    系統會自動計算並判定切片輪廓。使用者保留完全的控制權,可在必要時手動微調自動生成的輪廓。
圖二:輪廓驗證後,利用微調參數(旋轉、縮放、平移)將切片與圖譜連結

圖譜連結與自動報告

當輪廓確認無誤後,軟體將利用微調參數(旋轉、縮放、平移)將每個切片與標準圖譜進行連結。完成所有步驟並驗證後,系統將自動生成結果表單,其中包含該序列所有的測量數據,大幅節省人工統計的時間。

為什麼選擇這套解決方案?

⚡ 高度自動化

從輪廓識別到報告生成,自動化流程顯著提升實驗效率。

🎯 精確靈活

結合自動偵測與手動微調功能,確保每個樣本的分析準確無誤。

🔬 專業整合

專為放射自顯影與圖譜匹配設計,解決通用軟體難以處理的特定需求。

利用深度學習自動分割每顆牙齒

在牙科影像學中,分離每顆牙齒是一個繁複的任務,但使用卷積神經網路(CNN)模型就可以簡化這個流程,自動預測出每顆牙齒的位置。

使用CNN模型分離CBCT(錐形束電腦斷層掃描)影像中的每顆牙齒的主要原理是通過預測每顆牙齒的中心,並根據預測結果結合分水嶺分割演算法,分離出每顆獨立的牙齒。這樣做的過程可以自動化,從而大大減少人工工作量和時間成本。

我們已經收集多組具有標註的CBCT影像,並使用這些數據集訓練完成CNN模型。利用我們訓練的CNN模型,即可自動識別每顆牙齒的位置。在以下簡短的影片中,展示多組不同影像,在使用我們訓練模型可預測得到的結果。

自動氣管、肺臟及胸腔骨骼提取

透過Amira的清單工作室,用戶可以自訂需要的分析流程,結合這些流程定義出針對特定影像的分析模組。

我們針對胸腔電腦斷層影像提供一系列的分析模組,用戶只需要簡單的從清單中選取功能,即可完成氣管提取、肺臟提取及骨骼提取,完成後即可輸出成三維列印的STL檔案,或錄製所需的動劃影片。

您可以參考以下視頻操作。

眼框骨骼分割圈選與重建

位於眼底的骨骼因太薄,在影像重建時常常會產生破面,而非完整連續的眼底眼框模型,如下圖示。

在Amira中可透過自訂厚度,來強化指定厚度的構造,因此就能分割圈選出完整的眼框模型。

左圖:原始電腦斷層圖像;右圖:針對薄層強化影像
重建後的模型可確保眼底是完整沒有破面。

感謝XWind模組全新重建引擎,超薄結構一樣可以建構出四面體,並輸出至有限元素軟體進行模擬。

氣管與支氣管分析應用

在Amira的影像分割圈選編輯器中,利用群域增長的方式,即可得到立即得到如下的氣管結構。使用Skeleton模組的中心線演算功能,計算出支氣管中心線後,可再依據分支狀況,進一步運算得到其為第n級支氣管如下圖示。

除了上述的運算,感謝Amira的圓柱相關性演算功能,細小的微支氣管,也可以根據設定的管徑,運算得到肺節支氣管(Segmental Bronchi)。

有了較全面的支氣管網絡數位模型,可進一步計算氣管與各支氣管的距離,讓醫療團隊在做術前評估時可有更具體的觀念。

從氣管至各支氣管的距離分佈

細絲結構曲面網格重建

微細血管、絲狀構造或是薄殼結構在重建為曲面網格時,常因為重建的結構太細或太薄,運算後常遺失細微的結構。

左圖:圈選檔案中有完整的微細血管;右圖:過度平滑移除了大部份的血管。

Amira/Avizo中提供完整的操作功能選項,用戶可以根據不同的情況選擇最適合的平滑方式,進而得到理想的結果。例如,我們可以先重建所有血管後再針對曲面網格進行平滑,進而保留大部份的資料數據。

左圖:原始圈選檔案;右圖:先重建所有血管後再針對曲面網格進行平滑,進而保留大部份的資料數據。

也可以使用中心線演算模組,計算出血管中心線位置及粗細,再依管徑數值輸出模型!

左圖:原始圈選檔案;右圖:計算血管中心線,運算管徑,再依管徑輸出模型

透過Amira/Avizo完整的影像處理模組,任何細微結構都可獲得保留,於三維列印時完整呈現。

多影像校準對位與影像分割圈選

在臨床實際的應用,許多案例常需要借重不同的儀器設備進行拍攝,以取得最佳的訊息;或是在不同時間拍攝,來了解相關病徵的進展,這些情況下,都會同時有多組影像資料需要進行比對。

不同影像設備,會有不同的影像解析與影像大小

在Amira/Avizo中,我們提供完整的影像校準對位,包含標記點對位校準、曲面網格
對位 點校準、影像共同資訊校準對位,無論任何一種資料數據,只要能匯入,都能找到最佳的功能模組,將兩組不同座標影像運算至相同座標位置以便比對。

對位校準後的影像,透過重新切面運算產生相同尺寸影像後,在影像圈選工作室(Image Segmentation)即可自由切換,例如腫瘤在MRI中較容易辨識,我們就可以在MRI影像中圈選腫瘤;骨骼在CT中較容易辨識,我們就可以在CT影像中圈選骨頭,如此就能快速精確完成整個案例模型的製作與評估。